Como mencionado, você também precisa usar a opção /inheritance:r
para remover permissões herdadas.
/grant:r
apenas remove permissões explícitas.
icacls c:\temp\test /inheritance:r /grant:r <DOMAIN>\<USER>:(OI)(CI)F /T
Para conceder também SYSTEM
:
icacls c:\temp\test /inheritance:r /grant:r <DOMAIN>\<USER>:(OI)(CI)F /grant:r SYSTEM:(OI)(CI)F /T