Como mencionado, você também precisa usar a opção /inheritance:r para remover permissões herdadas.
/grant:r apenas remove permissões explícitas.
icacls c:\temp\test /inheritance:r /grant:r <DOMAIN>\<USER>:(OI)(CI)F /T
Para conceder também SYSTEM :
icacls c:\temp\test /inheritance:r /grant:r <DOMAIN>\<USER>:(OI)(CI)F /grant:r SYSTEM:(OI)(CI)F /T