Embora existam formas mais simples neste caso em particular, a abordagem geral que eu faço é reimprimir o sufixo numérico com a largura de campo e preenchimento desejados - usando o printf
do shell função
for f in A*; do
printf -v fnew '%s.%02d' "${f%.*}" "${f##*.}"
echo mv -v -- "$f" "$fnew"
done
(remova o echo
depois de verificar se está fazendo a coisa certa) ou com o rename
/ prename
prename -vn -- 's/\.(\d+)$/sprintf ".%02d", /e' A*
(desta vez, remova o n
para realmente renomear).