O iptables não lê o arquivo diretamente, isto é feito por um programa chamado iptables-restore. Isso geralmente é chamado de um dos seus scripts de inicialização.
Você pode adicionar arquivos de entrada extras à sua linha de restauração do iptables. Você terá que encontrar onde esta linha está no seu sistema, mas na minha caixa Debain, está em /etc/init.d/nat
A linha atualmente é assim:
/sbin/iptables-restore < /etc/network/iptables
Talvez possa ser alterado para algo assim:
cat /etc/network/iptables \
/etc/network/pre_routing_tables \
/etc/network/ssh_bans | /sbin/iptables-restore