Eu uso VMs porque elas são portáteis. Quando você anexa um disco físico, perde a maior parte da portabilidade. É muito mais fácil copiar um arquivo VHD para outro host do que mover o disco físico entre eles.
Usando o Hyper-V, quais são os prós e contras de usar a opção "Disco Rígido Físico" ao adicionar uma unidade a uma VM em vez de criar um VHD de tamanho fixo tão grande quanto o disco?
A intenção é que esse disco seja alocado para uma única VM, portanto, não há necessidade de usar mais nada.
O que você precisa pensar é a portabilidade versus a velocidade. É amplamente aceito que dar a uma VM um disco bruto real para trabalhar é o maior ganho de desempenho que você pode obter. Quando uma VM é executada em um arquivo, ela tem um sistema operacional que pensa estar gravando em um arquivo, que, por sua vez, está solicitando que um sistema operacional externo grave em um disco.
O desempenho de gravação em disco é provavelmente o maior problema que uma VM pode ter.
Mais informações: Coding Horror: The Dica de desempenho de VM mais importante e única
Eu duvido que você possa medir qualquer diferença de desempenho incorrida colocando um VHD nesse único disco. Experimente e veja. Eu suspeito que você vai querer preservar a flexibilidade que BLAKE mencionou.
Outra coisa a considerar: assim que você anexa um disco de passagem, perde a capacidade de tirar instantâneos dessa VM. A única solução é desanexar o disco, tirar o instantâneo e reconectar o instantâneo. Deve ser um disco SCSI para que isso funcione. Você também desejará ter certeza de que a VM não está gravando no disco antes de desanexar.