Eu me convenci de que o problema era uma frequência contador de tempo (TSC) identificada incorretamente.
Aparentemente, o kernel está calibrando o TSC contra o temporizador de intervalo programável (PIT). Normalmente, a frequência da CPU identificada é de 2400,204 ± 0,134 MHz, o que corresponde a uma precisão de cerca de 56 ppm. Após a inicialização problemática, a frequência da CPU foi estimada em 2383.579 MHz, o que corresponde a um erro de cerca de 6900 ppm, que ntpd
não conseguiu compensar. De facto, durante as primeiras 10:30 horas de funcionamento, o relógio do sistema ganhou cerca de 4m30s, o que é cerca de 7000 ppm.
Como o erro na frequência do TSC corresponde ao desvio no relógio do sistema, eu concluiria que o comportamento anormal do relógio foi causado por uma calibração incorreta da TSC.
No entanto, eu nunca vi um problema tão grande: ainda estou me perguntando sobre as possíveis causas (hw, sw?) dessa calibração errada.