Você pode usar uma expressão regular para capturar o subdomínio e usá-lo posteriormente em seu local.
server {
server_name ~^(?<sub>\.)?(?<domain>.+)$;
location / {
root /sites/$sub;
}
}
Como alternativa, pode ser preferível mover todas as configurações comuns para um outro arquivo e, em seguida, criar blocos de servidores por subdomínio e incluir o arquivo externo.
server {
server_name www.domain.com;
include /etc/nginx/sites-enabled/default.inc;
location / {
...
}
}
(repita para outros servidores)