Sim, é melhor (SEO sábio) ter um redirecionando para o outro. Você deseja evitar a duplicação de conteúdo e a fragmentação do suco de link (embora esses 2 devam ter sido corrigidos até agora nos principais mecanismos de pesquisa).
<VirtualHost *:80>
ServerAlias www.example.com
RedirectMatch permanent ^/(.*) http://example.com/$1
</VirtualHost>
Tenha em mente que o movimento no-www tem a desvantagem de todos os subdomínios também estarem transferindo os cookies do domínio principal (não-www).