Depois de uma pequena conversa no IRC, a opinião geral é que o kernel do linux compartilha algum código entre o ipv4 e o ipv6, e isso pode fazer com que o ipv4 seja completamente desabilitado e totalmente impossível. Você pode tentar compilar o kernel sem as partes do ipv4, mas o ipv6 pode não compilar neste caso (mas nada impede que você tente!).
Você pode remover os endereços ipv4 das interfaces, AFAIK, mas não acredito que seja possível desativar completamente o ipv4.
EDIT: Depois de uma rápida checagem no make menuconfig
no kernel 2.6.36 eu não consegui encontrar uma maneira de desabilitar o ipv4 sem desabilitar toda a pilha TCP / IP (e então, ipv6). / p>