Você também pode usar o PuTTY no Ubuntu
sudo apt-get install putty
O equivalente a Putty no Linux, no entanto, é usar ssh na linha de comando
ssh -i ~/.ssh/key user@server
Você precisará converter sua chave putty (usando PuTTYgen) para uma chave openssh ou criar uma nova chave.
Para converter a chave, primeiro importe-a e exporte-a como uma chave openssh.
Veja: link
Você pode usar qualquer número de programas para se conectar semelhante ao WinSCP, o nautilus fará isso
Login SSH baseado em chave com o Nautilus '"Conecte-se ao Servidor "
Você também pode usar o gftp