Dependendo de quanto você precisa fazer o backup, recomendo o seguinte:
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JungleDisk / Amazon S3 - funciona muito bem.
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O RSYNC para uma máquina remota também funciona muito bem. Trabalho CRON a cada XX horas.
Fazemos backup de quase uma TB de dados na nuvem S3 da Amazon e temos um "warm standby" em nosso backup de cores do mestre várias vezes ao dia (via rsync). O custo de transferência / armazenamento no Amazon S3 é extremamente barato. (ou seja, mais barato do que gravar para um DVD, mas não é mais barato do que fazer backup no HDD. Conheço algumas pessoas que simplesmente conectam um MyBank com 1 TB UB ou algo no servidor e fazem o backup semanalmente / mensalmente. Dependendo de suas necessidades um ou dois deles podem ser a solução mais barata para você.
Agora, estamos falando apenas sobre backups de dados. Vários comentários abaixo falam sobre o backup do próprio servidor ...
Dependendo de suas necessidades, o Norton Ghost ou até mesmo o Acronis ( link ) podem ser úteis para você. Coisas como o Norton Ghost tendem a depender da sua capacidade de realmente desligar o computador para fazer o backup. Alguns de nós não têm esse luxo, mas se você fizer isso, o Norton Ghost é um produto MUITO bom.