No meu caso, resolvi usar o comando "stat" com "find" e "vi" para criar um script que aplica permissões.
cd version1/
find . -exec stat -c '%a %n' "{}" \; > setPerm.sh
vi setPerm.sh
Em "vi" inseri em todas as linhas o comando "chmod": %s/^/chmod /g
Copiei o script no diretório version2/
e o executei.
Outras soluções parecem válidas, mas eu não as testei no caso.