O Initdb só deve ser executado uma vez. Ele irá criar o diretório onde você vai manter os arquivos de configuração e (geralmente) o banco de dados real. Você obviamente já fez isso; otherwrise não haveria nenhum pg_hba.conf para você editar.
Portanto, não execute postgresql initdb
novamente, a menos que você esteja fazendo uma reinstalação completa.