A resposta correta é: -U '!root'
(ou -u '!root'
em algum Ubuntus). Isto foi introduzido no topo v3.2.9:
man top
para a opção -U:
Prepending an exclamation point ('!') to the user id or name instructs top to display only processes with users not matching the one provided.
Lembre-se de colocar o ponto de exclamação e o nome de usuário entre aspas simples.