Acho que precisamos de mais informações sobre o que você está tentando alcançar ... Facter expõe por padrão as variáveis de ambiente FACTER_:
$ FACTER_FOO="bar"
$ export FACTER_FOO
$ facter | grep 'foo'
foo => bar
Mas para $ PATH ou $ USER ... Por que não diz ao fantoche para usar um determinado caminho ou um usuário (para um exec?) explicitamente?