Pondo de lado o fato de você ter 300 servidores (!!!) e você parece dizer que o processo não é automatizado, então levará 10 dias (!!!) para ser concluído, o cenário descrito pela GoDaddy parece off. NOTA: Comentário irrelevante agora que um contexto mais claro é colocado nos 300 servidores em questão de 10 dias; a logística de servidores móveis / esporadicamente conectados faz sentido.
Sim, se você deseja criar um novo certificado, o certificado SSL antigo deve ser revogado (também conhecido como: cancelado). Mas, na minha experiência, os certificados SSL não precisam ser revogados imediatamente porque um novo certificado SSL foi emitido. Você pode querer verificar com o GoDaddy sobre isso.
Além disso, os certificados SSL, registradores e serviços de hospedagem são três coisas diferentes. Às vezes, um registrador insiste que eles são os únicos que podem emitir um certificado SSL para um domínio que eles possam ter registrado com eles. Mas você pode obter um certificado SSL de qualquer pessoa que ofereça um e usá-lo com seus servidores atuais sem problemas.
Se o GoDaddy estiver realmente sofrendo com isso, recomendo que você obtenha um certificado SSL de outra fonte.
Dessa forma, você pode inserir o novo certificado SSL nos 300 servidores, mantendo o antigo certificado SSL no lugar. E quando terminar a transição, revogou oficialmente o certificado antigo para que você conclua o processo.