Eu só usei o Windows SFU no Windows 2008 antes, mas acredito que seja baseado no Interix. Eu joguei com cygwin de vez em quando, mas não uma quantia enorme, então alguém, por favor, me corrija se eu disser algo obviamente errado aqui.
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Senso semelhante ao Unix: Interix ganha este. O ambiente parece muito mais "completo". Não sei como colocar isso. Interix corre ao lado do subsistema win32, onde o cygwin é executado em cima dele. Então, interix é um "cidadão de primeira classe" no kernel do Windows. Coisas como
ps
edf
funcionam bem. - Desempenho: não tendo feito nenhum teste importante de desempenho, eu acho que a Interix também ganha isso. Novamente, ele está sendo executado em um nível mais baixo. Você não está apenas executando aplicativos Win32 com uma DLL de compatibilidade POSIX vinculada.
- Pacotes / software aleatório: Cygwin vence este por dois motivos. Em primeiro lugar, cygwin é muito mais conhecido. Um monte de software Unixy terá suporte para suas peculiaridades. Você também pode instalar coisas muito facilmente a partir do instalador da GUI. A Interix não (acredito) tem algo parecido com isso. Claro, você pode baixar algo, compilá-lo usando gcc (que eu acho que você pode obter pré-construído), e rezar para que ele funcione, mas é um pouco como portar software para qualquer outra variante do Unix (como Solaris ou AIX) - alguns as coisas vão funcionar, outras coisas vão tentar morder sua perna e matar seus filhos.
- Integração com aplicativos e ferramentas do Windows: Para ser honesto, ambos são um pouco chato nisso. Se você tem, digamos, um servidor Apache rodando dentro do cygwin ou do Interix, então, com certeza, ele será capaz de se comunicar através de TCP com programas Win32, mas isso é o máximo possível. De dentro de interix, eu acredito que você pode matar programas Win32 e listá-los usando ps, não tenho certeza se você pode fazer isso com o cygwin. Com ambos, você pode usar o gerenciador de tarefas do Windows para matar coisas.
- Integração com VMs: abordando seu exemplo de compartilhamento de um diretório inicial, então sim. Você pode usar o samba para isso, e eu acredito que o NFS também funciona no Interix para algo mais unixy. Você não encontrará nenhum GUI legal ou qualquer coisa para fazer o trabalho para você. Tanto o cygwin quanto o Interix permitem que você acesse seus sistemas de arquivos regulares.
- Tamanho da base de usuários: Cygwin vence aqui, eu diria. Foi muito difícil encontrar coisas que foram testadas e desenvolvidas para serem executadas no Interix, onde a maioria das fontes de código aberto parecia apoiar o cygwin como uma plataforma de compilação.
Se você tiver uma cópia de um sistema operacional Windows que ofereça suporte ao Interix (como você disse, uma edição Enterprise, uma edição Ultimate ou uma edição Server), não há problema em dar uma chance. É um ambiente de sentimento muito completo. O Cygwin, como você disse, roda em tudo, e é mais conhecido e melhor suportado, mas parece um pouco sujo para mim. Algumas pessoas usam isso regularmente.