Dependendo do seu servidor, você deve estar olhando para o Apache, não para o PHP.
(para RHEL / CentOS) veja /etc/httpd/conf.d/php.ini
#
# PHP is an HTML-embedded scripting language which attempts to make it
# easy for developers to write dynamically generated web pages.
#
LoadModule php5_module modules/libphp5.so
#
# Causes the PHP interpreter to handle files with a .php extension.
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AddHandler php5-script .php
AddType text/html .php
Você verá que seu módulo PHP é modules/libphp5.so
.
AddHandler php5-script .php
diz ao Apache para executar o PHP em qualquer arquivo com a extensão .php
.
Se você estiver usando um SO baseado em RPM, é mais fácil desinstalar (assumindo que você pode fazer isso) a versão atual do PHP e reinstalar a versão que você está procurando.
rpm -qa | grep php
mostrará qual versão do PHP está atualmente instalada.