Você está sacrificando o desempenho, no entanto, na maioria dos casos, o desempenho que você sacrifica é tão insignificante que o gerenciamento e a pegada gerada compensam bem a perda. A maioria dos servidores é um jogo justo para virtualização, e grandes servidores de banco de dados são talvez uma das exceções. No entanto, você precisa se perguntar se o seu servidor de banco de dados é realmente "grande", a maioria não é.
De sua pergunta posso supor que você está olhando para executar um servidor web e seu servidor de banco de dados associado em 2 VMs no mesmo servidor físico? Ignorando a segurança por um momento, você os executaria na mesma caixa sem virtualização? Ou seja, você acha que uma única caixa é poderosa o suficiente para a carga? Se assim for, acho que você vai encontrar VMs em execução na caixa está bem também.
Outra coisa que você desiste é a separação física. Se você está rodando um servidor web e seu servidor de banco de dados, se um deles cair você está morto de qualquer maneira, então não é grande coisa. Mas se você tivesse que executar seus servidores da web e seu parceiro redundante em 2VMs em uma única caixa física, então você está sendo bobo (e eu já vi isso). Se você perder a caixa física, perderá os dois servidores web, lugar ruim para se estar.