Instale o dconf-tools:
sudo apt-get install dconf-tools
Faça backup da configuração do seu painel:
dconf dump /org/gnome/gnome-panel/ > /some/location/backup.xml
Agora remova os painéis:
gsettings set org.gnome.gnome-panel.layout toplevel-id-list [""]
Se você quiser restaurá-los mais tarde, use:
cat /some/location/backup.xml | dconf load /org/gnome/gnome-panel/
NOTA: Isso parece não se manter após uma reinicialização. Pesquisas adicionais mostram que isso ocorre porque vários esquemas do dconf ainda estão em vigor. Eu ainda tenho que descobrir como removê-los.