O caminho simples a percorrer seria fazer algo assim.
ssh-keyscan remote_server >>~/.ssh/known_hosts
Se esta caixa for nova, talvez seja necessário criar o diretório ~/.ssh
antes de executar ssh-keyscan .
Tenha em mente que ssh-keyscan pode pegar um número arbitrário de nomes de host. Ele terá todas as chaves que puder.