você provavelmente alterou as permissões no diretório (ou em um de seus pais) que o servidor da Web está procurando .htaccess in, para que o servidor da web não consiga mais verificar se existe um arquivo .htaccess.
primeiro corrija as permissões no diretório (precisa ser rx pelo processo do servidor web, portanto, 755 ou 775, dependendo se você deseja que o diretório seja gravável em grupo ou não). Note que você tem que ter certeza de que as permissões de cada diretório pai de volta para a raiz do sistema de arquivos (ou seja, /) são rx pelo servidor web.
e então, se você não está realmente usando arquivos .htaccess e não tem intenção de usá-los no futuro (ou seja, você pretende colocar todas as suas configurações em httpd.conf / apache.conf) então desabilite os arquivos htaccess no apache configuração.
há uma pequena penalidade de desempenho para verificar a existência, a leitura e a análise dos arquivos .htaccess no diretório atual e em todos os diretórios pai para a raiz do documento. é muito pequeno, mas acrescenta quando há muitos pedidos.