Como Sandeep disse, o IIS exclui seu certificado se ele não tiver uma chave privada.
Isso geralmente ocorre se você usar o IIS para criar uma solicitação de certificado de uma autoridade de certificação. Sua CA não tem sua chave privada (você faz) para que o arquivo não contenha a chave privada. Ele é exatamente o que você precisa fazer:
Você criou originalmente uma solicitação de certificado do IIS em seu servidor.
Você enviou o arquivo TXT da solicitação para sua autoridade de certificação para que eles pudessem criar o certificado para você.
Sua autoridade de certificação enviou de volta um arquivo .CRT
No mesmo Windows Server que você usou para criar a solicitação de certificado,
No Windows Explorer, clique com o botão direito do mouse no arquivo .CRT que sua autoridade de certificação enviou para você.
Selecione Instalar Certificado O Assistente de Importação de Certificados é executado
No Assistente de Importação de Certificados, em Localização da Loja, selecione Máquina Local
Próxima
Selecione Colocar todos os certificados no armazenamento a seguir e selecione Autoridades de certificado raiz confiáveis
OK
Isso faz com que o Windows importe o certificado para o Windows (não para o IIS).
Agora você precisa obter o arquivo PFX que contém a chave privada:
Inicie o MMC
Arquivo - Adicionar / Remover Snap-in ...
Certificados (computador local)
De Certificados (Computador Local) - Certificação raiz confiável expandida
Pasta de autoridades
Selected Certificates
Noticed my imported certificate with a key logo displayed on it
Abra o certificado
Observe que ele exibe "Você tem uma chave privada que corresponde a este certificado".
Ok
Clique com o botão direito do mouse no certificado.
All Tasks --> Export
Próximo
Na página "Exportar chave privada" do assistente, selecione "Sim, exportar a chave privada"
Próximo
O Assistente de Exportação de Certificados lhe pede - Exportar Formato de Arquivo PKCS # 12 (.PFX)
Próximo
O Certificate Export Wizard requer que você proteja o arquivo com uma senha:
Digite uma senha para proteger o arquivo.
Próximo
Navegue até um local e forneça o nome do arquivo. O arquivo terá extensão .PFX.
Em seguida, abra o IIS 7
Selecione seu servidor IIS no painel esquerdo (Conexões)
Clique em Abrir certificados do servidor na visualização Recursos
Do lado direito do painel "Ações", clique em Importar…
Selecione o arquivo PFX que você exportou
Forneça a senha que você usou para protegê-la
Clique em OK