Se você deseja seguir rigorosamente o FHS, então /var/opt/<appname> dos dados dos aplicativos instalados em /opt é o lugar certo para ir. Coisas instaladas em /usr/local normalmente usam apenas /var/lib/<appname> .
É claro que, na prática, acho que há pouca diferença, a menos que você tenha alguma sobreposição entre seus aplicativos locais / opt e aqueles que vêm com sua distribuição. Eu costumo colocar tudo em /var/lib , já que esse é o primeiro lugar que eu ou alguém procuramos. A maioria das pessoas não está familiarizada ou não espera encontrar coisas em /var/opt