Você pode usar a chave Win como Meta
Para isso, acesse System Settings | Keyboard Layout | Options... neste ponto, expanda Alt/Win key behavior e escolha a opção Meta is mapped to Win keys .
Agora, quando você configura o mapa de teclas do Mac OS X 10.5+ no IntelliJ, ele deve funcionar como está acostumado.
Para mais informações sobre a chave Meta, leia esta discussão .