O Enterprise MySQL (a versão que você paga ao Oracle para licenciar) tem um módulo PAM que permite a autenticação LDAP: link
MariaDB (uma versão binária compatível do MySQL desenvolvida pela Monty) tem um módulo PAM de código aberto disponível para ele: link
Eu não tenho experiência prática com nenhum deles - eu os apresento apenas como recursos de que ouvi falar, mas que não foram testados nem utilizados por mim.