Solução rápida e suja (ie. Administrador de campo de batalha):
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Leve seu sistema offline (espero que você possa) e faça um backup do NortonGhost (ou algo similar) para um segundo disco rígido.
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Inicialize o segundo disco rígido (para ter certeza de que o seu backup realmente funciona) e faça a atualização do yum nessa unidade.
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Se tudo funcionar ... parabéns!
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Se ele estragar alguma coisa ... vá em frente e insira sua unidade ORIGINAL e crie um "Plano B".
ATUALIZAÇÃO:
Pensei em mencionar que a verdadeira questão aqui é: "Eu atualizo meu sistema waaaay desatualizado e arrisco a bagunçar tudo?" ou "Eu deixo meu sistema de trabalho perfeitamente bom sem correção e arrisco ter ele pirateado / comprometido?"
A resposta é ... depois de ter o seu sistema corrigido através dos passos acima ... tente manter-se atualizado fazendo o backup frequente e corrigindo-o frequentemente.
Então você terá o melhor dos dois mundos. ; -)