R2 é uma coisa de licenciamento. Não tem nada a ver com alterações de kernel ou service packs ou outras coisas do tipo.
Lembre-se de 2003? E então 2003 R2? 2003 R2 não teve nenhuma mudança no kernel. 2003 R2 foi basicamente um monte de add-ons, alguns dos quais foram disponibilizados gratuitamente pela Microsoft, alguns não eram. Introduziu algumas tecnologias novas / avançadas algumas existentes e bateu o esquema acima de uma versão, mas o KERNEL era o mesmo.
O Server 2008 R2 é radicalmente diferente do Server 2008. Existem MUITAS alterações no kernel, especialmente na área de gerenciamento de energia (estacionamento central para um) e a capacidade de manipular (com a versão apropriada) 256 Núcleos de Processador.
O R2 fornece uma maneira de dizer "Suas CALs ainda são boas". Com o R2, você compra as MESMAS CALs (as CALs não precisam ser atualizadas) que você fez com a versão original.
(FYI, eu vi uma apresentação em 2003 Server por um representante da Microsoft que desafiou o pensamento de que o Windows 7 era o Vista R2 e ao atingi-lo com a lógica baseada em semelhanças do kernel, ele explicou por que R2 existe).