Você provavelmente tem algum arquivo de log grande excluído, arquivo de banco de dados ou algo semelhante por aí, aguardando o processo que o mantém liberando o arquivo.
No Linux, a exclusão de um arquivo simplesmente desassocia o arquivo. Na verdade, ele é excluído quando não há mais identificadores de arquivo conectados ao arquivo. Portanto, se você tiver um arquivo de log de 2 GB que será excluído manualmente com rm, o espaço em disco não será liberado até que você reinicie o daemon syslog (ou envie HUP
signal para ele).
Tente
lsof -n | grep -i deleted
e veja se você tem algum arquivo zumbi deletado ainda por aí.