Você precisa passar o valor requerido de user.timezone como um argumento da JVM quando iniciar o Jenkins. A linha de comando do Java será parecida com:
$JAVA_HOME/java -Duser.timezone="America/Toronto" [other JVM parameters] $JENKINS_HOME/jenkins.jar
Infelizmente, não estou familiarizado com a instalação do Debian, mas os parâmetros da JVM devem ser definidos no script /etc/init.d/jenkins ou em um arquivo de propriedades que é referenciado por esse script.