A política de instalação de software é processada antes da execução dos Scripts de inicialização. Às vezes é exatamente isso que você quer e outras vezes não é. Você não pode mudar isso.
Quando quero que um script de inicialização seja executado antes da instalação do software, acabo usando a associação ao grupo para controlar a execução do script de inicialização e termino o script de inicialização com um comando para adicionar o computador a um segundo grupo que controla a instalação do software. O único problema com isso é que, até o momento, ainda não encontrei nenhuma maneira confiável de reiniciar um sistema operacional Windows XP ou mais recente a partir de um script de inicialização. (Sim, sim - eu também tentei vários métodos. Eu posso discuti-los detalhadamente se você quiser.) Como tal, isso sempre faz com que essa estratégia exija que duas botas "tenham efeito".
Você menciona "preferências", então acho que está procurando fazer as coisas no ambiente do usuário por meio de um script de logon. Scripts de logon são executados, obviamente, após o logon. Se você estiver olhando para verificar se um software foi instalado durante o script de logon, consulte o "banco de dados" do Windows Installer no registro para ver se o programa está lá e "sair". Você encontrará os produtos instalados na chave "HKEY_CLASSES_ROOT \ Installer \ Products". Obviamente, você terá que descobrir o GUID para o pacote com o qual está lidando.
Editar: a ordem de processamento da extensão de cliente (CSE) da Diretiva de Grupo é executada com base no valor do GUID da extensão do lado do cliente, pelo que consegui extrair da documentação. Parece que o CSE com GUIDs numericamente mais altos é executado mais tarde. Eu não tenho o GUID para o CSE "Preferences" acessível, então não posso dizer como ele deve agir: antes / depois de outros CSEs.
No Windows XP, pelo menos, entre em HKLM \ Software \ Microsoft \ Windows NT \ CurrentVersion \ WinLogon \ GPExtensions e procure o CSE para "Preferências". O REGEDIT classificará esses GUIDs numericamente também, de modo que você possa saber, visualmente, se o CSE "Preferences" será executado antes / depois de outros CSEs.