Sua configuração está bloqueando intencionalmente:
location ~ /. {
access_log off;
log_not_found off;
deny all;
}
Isso corresponderá a qualquer solicitação em que uma barra seja seguida por um caractere de qualquer tipo; o caractere .
em uma expressão regular significa "qualquer caractere".
Eu estou supondo que você quis verificar um literal .
; seria essa configuração:
location ~ /\. {
Deixe-me saber se esse não é o caso!