A latência é basicamente insignificante. O 10GBASE-T tem uma latência de < 1 microssegundo. O SFP + tem menos latência em si, mas o SPF não inclui parte do transceptor físico (que pode ou não adicionar latência); daí a necessidade de um módulo físico (ou cabos de cobre direto).
As maiores diferenças são o preço, como você observou, e a distância. SFP + Direct Copper os cabos têm que ser < 15m (10m para certos cabos). 10GBASE-T vai o padrão de 100m. O cabeamento Cat6 é bastante barato (comparado a outros cabos 10G), e eu suspeito que os fabricantes de equipamentos "compensem isso" no preço, além de o 10GBASE-T não ser tão popular ainda.
O padrão 10GBASE-T também usa mais eletricidade (o que causa o aumento da distância e da latência). A quantidade extra usada normalmente não é um fator.