O java.io.tmpdir no Tomcat está definido como $CATALINA_BASE/temp . Você pode alterá-lo definindo a variável de ambiente $CATALINA_TMPDIR antes de executar startup.sh para o Tomcat.
De catalina.sh :
# CATALINA_TMPDIR (Optional) Directory path location of temporary directory
# the JVM should use (java.io.tmpdir). Defaults to
# $CATALINA_BASE/temp.