Na verdade, nunca desfragmente os dados nos meus servidores. Eu não tenho visto um ganho de performance suficiente em arquivo servindo para fazer valer o desempenho do tempo que leva para desfragmentar. Na verdade, a maioria dos servidores nunca terminará a desfragmentação, a menos que você os coloque off-line por alguns dias. Se você estiver usando um sistema de arquivos relativamente moderno (a menos que você tenha optado por alterar os padrões do Windows 2003), ele não deve importar muito de qualquer maneira. Além disso, se você estiver executando qualquer tipo de striping RAID, a fragmentação de arquivos não é um problema, pois eles já estão divididos em vários discos.
Se eu tiver um servidor onde eu realmente quero que os dados sejam limpos e desfragmentados por algum motivo, é muito mais provável que eu copie tudo para a fita, limpe a unidade e restaure-a. Isso os anotará em blocos perfeitos.