Conforme declarado no doco , o armazenamento de dados e a configuração. é separado do aplicativo.
Dessa forma, você pode simplesmente copiar o diretório do aplicativo (Algo como /opt/nexus-oss-webapp-X.Y.Z/ ) e o diretório de dados ( /opt/sonatype-work/ ) para um novo servidor sem nenhum problema.
Suspeito que a única configuração que você precisará alterar antes de tentar reiniciá-la é a URL do repositório que pode ser feita editando sonatype-work/nexus/conf/nexus.xml .
Acabei de mover meu repositório de uma máquina para outra e atualizei-a de 1.8.x para 1.9.0 ao mesmo tempo sem problemas.