Não toque no script de inicialização. Em vez disso, edite o arquivo / etc / default / tomcat6 e comente a linha que permite a depuração remota:
# To enable remote debugging uncomment the following line.
# You will then be able to use a java debugger on port 8000.
JAVA_OPTS="${JAVA_OPTS} -Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,address=8000,server=y,suspend=n"