O Gerenciador de Controle de Serviços, que lida com serviços de início / parada, não possui nenhum mecanismo (em qualquer versão do Windows anterior) para especificar a prioridade nos processos iniciados.
Como você pode modificar a prioridade em um processo que já está em andamento, sua melhor aposta pode ser usar uma ferramenta para fazer isso.
Não tenho conhecimento de uma ferramenta de linha de comando da Microsoft para modificar a prioridade do processo, mas a linha de comando "PV" também está disponível em link tem uma função para definir a prioridade.
pv -pb process-name.exe
Isso definiria "process-name.exe" como prioridade "Abaixo do normal".
Se você pode viver com o processo começando com a prioridade "Normal" até chegar perto de alterá-lo, você pode fazê-lo com um script sendo executado como "Tarefa agendada" para disparar de vez em quando (no caso o serviço é devolvido).
É um hack rápido e sujo, mas eu devo muito da minha fortuna na vida a hacks rápidos e sujos que fazem o trabalho!