sua configuração diz: gire 2
isso significa que os arquivos de log são girados 2 vezes antes de serem removidos, então o logrotate só se importa com 2 arquivos.
meu palpite é que a configuração foi alterada em algum momento, porque anteriormente mais arquivos de log eram mantidos, talvez fosse algo como girar 28. esses arquivos mais antigos que você precisa remover manualmente.