Eu tive o mesmo problema com uma versão anterior do Ubuntu (12.04), Apache 2.2.22 e php5-fpm fastCGI do PHP. Fazendo
service apache2 restart
não é suficiente, porque apenas reinicia o servidor http: você tem que emitir também o comando
service php5-fpm restart
para que o servidor de aplicativos seja reiniciado e o PHP leia o arquivo php.ini novamente.