Como o OP aponta a ordem log_format é realmente muito importante, no caso do log_formats customizado, se você colocar no mesmo diretório os dois tipos de arquivos, alguns arquivos com log_formats, alguns arquivos com servidores que fazem uso daqueles log_formats, result será uma configuração altamente irrepetível.
No trabalho quando movemos nossa fazenda nginx para fantoches, começamos a ver algumas instalações do nginx do zero para falhar em um hardware / configuração idêntico, depois de muitas situações bizarras de depuração, como ter dois arquivos / etc / nginx / * (-r) com um md5match e o mesmo binário produzindo resultados diferentes (erro log_format inválido em um e trabalhando em outro), aprendemos da maneira mais difícil que é realmente muito importante para algumas diretivas como log_format.
Corrigimos o problema apenas movendo a geração de blocos de servidores de conf.d / * para outra pasta incluída após conf.d /*.