Você também pode usar o iptables para limitar a taxa de conexões de entrada. Por exemplo, se você não quiser mais de 200 conexões por minuto de uma fonte:
iptables -I INPUT -p tcp --dport 80 -m state --state NEW -m recent --set
iptables -I INPUT -p tcp --dport 80 -m state --state NEW -m recent --update --seconds 60 --hitcount 200 -j DROP