Parar e iniciar uma instância de inicialização do EBS é muito semelhante a simplesmente reinicializar a instância com algumas exceções, sendo a mais notável:
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A instância recebe um novo endereço IP interno.
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A instância recebe um novo endereço IP público.
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Se a instância não estiver em um VPC, qualquer endereço IP elástico será desassociado da instância.
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Todos os dados sobre armazenamento efêmero (geralmente em / mnt) são perdidos
Há também algumas implicações de faturamento e disponibilidade que descrevi neste artigo:
Rebooting vs. Stop/Start of Amazon EC2 Instance
http://alestic.com/2011/09/ec2-reboot-stop-start
As instâncias de VPC têm um comportamento ligeiramente diferente, incluindo manter endereços IP elásticos por meio de stop / start.
Se você estiver usando uma instância como um servidor de banco de dados e desejar se conectar a ela usando o endereço IP interno (mais barato, mais rápido) e não precisar reconfigurar os clientes de banco de dados após uma parada / início, você pode atribuir um endereço IP elástico à instância e usar o nome DNS Elastic IP externo. Isso resolverá o endereço IP interno atual depois que você associar novamente o endereço Elastic IP à instância reiniciada e seus clientes continuarão de onde pararam.
Eu entro em mais detalhes sobre essa abordagem neste artigo:
Using Elastic IP to Identify Internal Instances on Amazon EC2
http://alestic.com/2009/06/ec2-elastic-ip-internal
Como parece que você previu, parar / iniciar é uma maneira fácil de alterar o hardware que liga sua instância. Eu escrevi sobre isso junto com algumas instruções e avisos neste artigo:
Moving an EC2 Instance to a Larger (or Smaller) Instance Type
http://alestic.com/2011/02/ec2-change-type
Para sua situação específica, recomendo atribuir um endereço IP elástico à instância e alterar seu DNS para apontar para o endereço IP elástico usando um CNAME para o nome DNS externo. Você poderia fazer isso logo após a parada / início, ou você poderia fazer isso antes do tempo, certificando-se de que tudo funciona antes da parada / início.