Aparentemente mod_ssl mudou no último ano (eu não encontrei o commit exato para a fonte, mas encontrei o "problema"). A fonte agora faz isso:
If SSLProtocol only includes only one Protocol:
Handshake = That Protocol's Handshake Only
Else
Handshake = SSLv2 Handshake
Não há substituição para essa configuração. A única coisa que você pode fazer é editar a fonte, recompilar sua própria versão. Eu criei um diff para forçar a compatibilidade do Handshake SSLv2 se você quiser compilar o seu próprio.