O php 5.3 realmente é necessário para o que você está fazendo? Não assuma automaticamente que mais novo é melhor.
Se você atualizar para o CentOS 6, o php 5.3 é o padrão.
O que você precisa entender é que o RedHat (e, portanto, seus clones) é muito conservador em relação à atualização de pacotes por um bom motivo. Se você quer que ele envie e receba pacotes mais atualizados, espere problemas.
Dito isto, o pacote que você está procurando existe! Tudo que você precisa fazer é
rpm -Uvh http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/5/i386/epel-release-5-4.noarch.rpm
yum install php53-mcrypt
O repositório EPEL contém mais e mais pacotes atualizados para complementar o repositório padrão.
Instale o Repositório EPEL no CentOS Linux 5.5 de 32 bits:
rpm -Uvh http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/5/i386/epel-release-5-4.noarch.rpm
Instale o Repositório EPEL no CentOS Linux 5.5 de 64 bits:
rpm -Uvh http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/5/x86_64/epel-release-5-4.noarch.rpm