Depende totalmente de você como você configura seu sistema, com base em suas necessidades. No entanto, há boas razões para ter arquivos de configuração separados para o CLI e o Apache, até porque um servidor da Web normalmente é um serviço voltado para o exterior. Por exemplo:
- Desativando algumas extensões para minimizar os riscos de segurança.
- Configurar limites de memória menores para limitar o potencial de ataques de negação de serviço.
Note que você também pode configurar sua instalação do PHP adicionando arquivos ao /etc/php5/conf.d . Essa é uma boa maneira de manter suas personalizações em seus próprios arquivos e evitar conflitos em seus arquivos php.ini se eles forem atualizados por uma nova versão dos pacotes. O último ponto também é um problema se você escolher usar links simbólicos para php.ini . Observe que os diretórios conf.d para cli e apache são links simbólicos.