From what I can see, an application pool with no web sites, does not create a worker process
Esta é uma afirmação verdadeira. Veja isto para referência. (IIS 6, mas se aplica a 7 e acima)
Meus pensamentos são isso ... Não está prejudicando nada com um número tão pequeno de pools de aplicativos não usados apenas para deixá-los, e você nunca sabe quando pode precisar alterar o pool de um site para usar um dos antigos no caso de um de seus upgrades ficar ruim.
Em termos de memória, CPU e outros recursos do IIS, não há absolutamente nenhum imposto sobre eles, a menos que um processo de trabalho seja criado e, se os pools de aplicativos não forem mapeados para sites, eles não criarão processo de trabalho e pegar todos os recursos disponíveis. A outra grande coisa é que você poderia simplesmente deixá-los no estado parado também, para que você realmente tenha certeza de que nada será mapeado para eles, e mesmo que isso aconteça, estar no estado parado você ainda não estaria usando recursos. Em cerca de três meses, geralmente removemos os pools de aplicativos antigos apenas para manter as coisas limpas.
Espero que ajude.