Com o lançamento recente do HAProxy 1.6, existe uma solução para o seu problema. Agora você pode definir resolvedores e associá-los ao seu back-end. A resolução IP será então feita em tempo de execução.
resolvers dns
nameserver public-0 xx.xx.xx.xx:53
hold valid 1s
frontend http
bind *:8000
default_backend site-backend
backend site-backend
balance leastconn
server site sub.example.com:80 resolvers dns check inter 1000