Eu daria uma olhada no Duplicity.
A duplicidade fará backups completos e incrementais e os transferirá usando Rsync, ftp, sftp, etcetc.
A duplicidade usa o GPG para criptografar os backups e usa arquivos de assinatura, e quais não.
Eu uso para fazer backup de meus servidores de e-mail e é fantástico, um arquivo de lote simples.
livre de curso e fácil de usar.
página de manual: link
espero que isso ajude.
Luc