wait_timeout é a quantidade de segundos durante a inatividade que o MySQL esperará antes de fechar uma conexão em uma conexão não interativa. interactive_timeout é o mesmo, mas para sessões interativas (shell mysql)
Definir um valor muito baixo pode fazer com que as conexões caiam inesperadamente, especificamente se você estiver usando conexões persistentes em seu aplicativo da Web.
Definir um valor muito alto pode fazer com que conexões antigas permaneçam abertas, impedindo o acesso ao banco de dados.
IMO, por wait_timeout, você deseja que esse valor seja o mais baixo possível sem afetar a disponibilidade e o desempenho. Você pode começar com 10 segundos e aumentá-lo gradualmente se estiver vendo um desempenho degradado.
Para o interactive_timeout, alterar esse valor não aumentará ou diminuirá realmente o desempenho do seu aplicativo.