Não adianta incluí-lo. Se o navegador ou biblioteca do cliente o tiver como um certificado confiável, então obviamente ele não precisa de outra cópia, se ela não tiver, então a inclusão não fará com que ela confie nela.
Eu não tenho idéia porque o Namecheap iria incluí-lo em suas instruções. Abundância de cautela? Não é um erro ou violação de conformidade de especificação para incluí-lo. Seu site funcionará bem com o presente. No entanto, ele adicionará (muito) um pouco ao tempo de processamento do handshake e não servirá para nenhum outro propósito prático, e é por isso que o Qualys o inclui como um aviso.